論理プログラミング言語miniKanrenの作者の一人でThe Reasoned Schemerの共著者でもあるWilliam E. Byrd氏が5月来日し、東京で講演を行います。内容は以下のようなものです。

講演自体は英語で行いますが、日本語への通訳も行われます。講演会の後懇親会も予定しています。

尚この講演会はSicss Societyの国際交流プロジェクトICEJ (International Computing Experts in Japan)によって可能となったSicssのイベントです。

スケジュール / Schedule

スケジュールは以下のように予定されています。 が、進捗によって時間は前後する場合もあります。 懇親会の詳細は未定であり、当日有志が組織するとします。

The schedule is set as below. Time is not fixed but only for reference and is subject to adjustment. The after-party is not pre-organized, but hey, why not list it here!

キーワード / Keywords

• Relational Programming / Logic Programming / 論理プログラミング
• miniKanren
• mediKanren
• Scheme
• Interactive System / 対話的システム
• Query System / クエリシステム
• Graph Database / グラフ型データベース

タイトル / Title

対話的生体医学推論システムの開発から学んだこと / Lessons from building an interactive biomedical reasoning system

講演者 / Speaker

アラバマ州大学に勤める科学者William. E. Byrd博士

Dr. William E. Byrd, Scientist at Department of Computer Science, University of Alabama at Birmingham

概要 / Talk Abstract

医学の分野では、薬や病気、遺伝子などに関わるデータを扱うが、これらの情報を保持するデータベースの統一的な問い合わせ手法が欠如している。mediKanren は、こういったデータの上で推論を行うための対話的なシステムであり、現在、国立衛生研究所 NCATS が率いる生体医学データ翻訳プログラムの一環として開発を行っている。mediKanren の実装には、制約論理プログラミング言語 miniKanren を用いており、日本の第５世代コンピュータプロジェクトからもインスピレーションを受けている。mediKanren の設計や実装などは、ソフトウェアエンジニアリングの観点から見ると特殊であり、生体医学的な応用に関する暗黙の仮説に対して異議を唱えている。本講演では、mediKanren の設計と実装にまつわる理念を紹介する。さらに、革新的なシステムを創る際の参考として、mediKanren の開発から得たアイディアや教訓を聴衆とシェアしたいと考えている。

Medical researchers suffer from the lack of a unified way to query over the many biomedical databases that exist for drugs, diseases, genes, etc. As part of the new National Institutes of Health NCATS Biomedical Data Translator resoning tool effort, my colleagues and I are developing a new interactive system--called mediKanren--to perform sophisticated reasoning over these data sources. We are building mediKanren using the constraint logic programming language miniKanren; our approach is partly inspired by the Japanese Fifth Generation Project, but with a modern twist. Many aspects of mediKanren's design, implementation, and use are unusual from a software engineering perspective, and challenge the assumptions implicit in building biomedical applications. I'll discuss our design and implementation philosophy, and share the lessons we have learned that I think are broadly applicable to building innovative systems.

略歴 / Bio

Will Byrd は、アラバマ大学バーミンガム校の科学者であり、計算機科学科と Hugh Kaul 精密医療研究所の両方に所属。主な研究分野は高レベルの宣言的プログラミング言語、プログラム合成、および、宣言的プログラミングの生体医学的応用など。リレーショナルプログラミング言語 miniKanren (http://www.minikanren.org) と、生体医学推論システム mediKanren (https://github.com/webyrd/mediKanren) の開発者であり、'The Reasoned Schemer, 2nd edition' (MIT Press, 2018年) の執筆者でもある。合成生物学やナノテクノロジー、古代の言語にも興味があり、現在、個々の原子を見ることのできる走査型トンネル顕微鏡を父とともに開発中。

Will Byrd is a scientist at the University of Alabama at Birmingham, in both the Department of Computer Science and the Hugh Kaul Precision Medicine Institute. His primary interests are in high-level declarative programming languages, program synthesis, and bio-medical applications of declarative programming. He is co-creator of the miniKanren relational programming language (http://www.minikanren.org), the mediKanren biomedical reasoning system (https://github.com/webyrd/mediKanren), and co-author of 'The Reasoned Schemer, 2nd edition' (MIT Press, 2018). Will is also interested in synthetic biology, nanotechnology, and ancient languages. Will and his father are building a scanning tunneling microscope, which should be able to resolve individual atoms.